Theo đó, quy định rõ mối quan hệ kiểm soát quyền lực của Chính phủ - cơ quan thực hiện quyền hành pháp với cơ quan thực hiện quyền lập pháp và cơ quan thực hiện quyền tư pháp, theo đúng quan điểm của Đảng và tinh thần của Hiến pháp, bảo đảm quyền lực nhà nước được thực thi thống nhất, có hiệu lực và hiệu quả. Quyền hành pháp của Chính phủ phải được thực thi đầy đủ và liên tục, nhất là trong việc xây dựng, ban hành thể chế, trong đó có các luật và pháp lệnh.

Quy định rõ quyền hạn của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ trong việc xử lý đối với trường hợp xảy ra tình trạng khẩn cấp hay diễn biến bất thường của đất nước.

Trong Luật tổ chức Chính phủ (sửa đổi) có một chương quy định cụ thể, đầy đủ vị trí, thẩm quyền và các nguyên tắc làm việc của Thủ tướng Chính phủ, với tư cách người đứng đầu Chính phủ, là chức vụ do Quốc hội bầu ra, có nhiệm vụ lãnh đạo công tác của Chính phủ và hệ thống hành chính nhà nước. Phó thủ tướng là người giúp Thủ tướng thực hiện nhiệm vụ trên một số lĩnh vực công tác. Quyền hạn của phó thủ tướng do Thủ tướng Chính phủ phân công. Khi giải quyết công việc thì phó thủ tướng nhân danh Thủ tướng và chịu trách nhiệm cá nhân trước Thủ tướng. Vì vậy, không quy định nhiệm vụ, quyền hạn của phó thủ tướng trong luật.

Nghiên cứu, hoàn thiện chế định “bộ trưởng không bộ” trong Luật tổ chức Chính phủ (sửa đổi), trong đó quy định rõ vị trí, nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác của bộ trưởng không bộ giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo xử lý những vấn đề, những lĩnh vực công tác nhất định thuộc thẩm quyền của Chính phủ. Văn phòng Chính phủ do bộ trưởng Văn phòng Chính phủ đứng đầu (nghiên cứu bỏ chức danh “chủ nhiệm”).

Trong số các nội dung cơ bản của Luật tổ chức chính quyền địa phương có nội dung về quận, phường không tổ chức HĐND. Cụ thể, không tổ chức HĐND ở các đơn vị hành chính này không có nghĩa là bỏ vai trò đại diện của nhân dân ở địa bàn đó và bỏ giám sát đối với UBND mà việc này sẽ do HĐND thành phố trực thuộc trung ương thực hiện. UBND quận, UBND phường là cơ quan hành chính đại diện cho UBND thành phố, được giao thực hiện những nhiệm vụ, quyền hạn nhất định. UBND quận, phường không phải là một cấp chính quyền địa phương, nhưng là chính quyền địa phương được giao một số nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể theo quy định của pháp luật, chịu sự giám sát của HĐND thành phố.