Cụ thể, Tổng cục Hải quan yêu cầu hải quan địa phương khi có nghi vấn liên quan đến tính hợp lệ của Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O), các thông tin khai báo C/O hay xuất xứ thực tế của hàng hóa nhập khẩu (như có dấu hiệu giả mạo chữ ký, con dấu C/O, sự không phù hợp giữa thông tin về hàng hóa khai báo trên C/O và chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan, nghi ngờ về tiêu chí xuất xứ khai báo trên C/O hay qua kiểm tra thực tế (nếu có) phát hiện xuất xứ thể hiện trên hàng hóa khác so với khai báo, quy định về vận chuyển trực tiếp…) thì gửi báo cáo và hồ sơ liên quan về Tổng cục Hải quan để tiến hành xác minh.

Đối với các trường hợp hàng hóa có C/O và đã được hưởng thuế suất thuế ưu đãi đặc biệt nhưng có dấu hiệu gian lận, vi phạm quy định thì chủ động tổ chức kiểm tra sau thông quan và báo cáo Tổng cục Hải quan.

Liên quan đến việc tăng cường kiểm tra xuất xứ hàng hóa, Tổng cục Hải quan cũng có văn bản chỉ đạo các đơn vị hải quan địa phương tăng cường kiểm tra xác định xuất xứ các mặt hàng lạc, hạt muồng, hạt ca cao, hạt đậu cô ve và quả me nhập khẩu để đảm bảo các mặt hàng này không có nguồn gốc xuất xứ từ Ấn Độ theo quyết định tạm ngừng nhập khẩu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.