Với việc quy định một số cửa khẩu quá cảnh nhất định cho cảng và sân bay Đà Nẵng như trong thông tư này, nhiều doanh nghiệp Đà Nẵng đã mất rất nhiều cơ hội cạnh tranh với các đối thủ nước ngoài.

Trong thực tế, đối với hàng quá cảnh qua các nước Lào, Trung Quốc và Campuchia, người gửi hàng thường chọn các cảng biển mà theo họ là phù hợp với địa điểm nhận hàng tại nước bạn. Mặt khác còn phụ thuộc vào năng lực cầu bến, năng lực xếp dỡ của các cảng ở Việt Nam mà người gửi hàng sẽ quyết định cảng quá cảnh.

Đặc biệt trong lĩnh vực vận tải hàng dự án và hàng siêu trường siêu trọng quá cảnh sang Lào và Campuchia, có rất nhiều tuyến đường quy định trong thông tư không phù hợp vì hạ tầng giao thông không đáp ứng khả năng vận tải như: cầu đường yếu, tĩnh không thấp; đặc biệt là điều kiện hạ tầng kết nối phía nước bạn không tương thích nên doanh nghiệp vận tải buộc phải chọn tuyến đường và cửa khẩu khác phù hợp hơn.

Hiện nay các doanh nghiệp vận tải hàng quá cảnh của Việt Nam thường rất khó cạnh tranh với các doanh nghiệp Thái Lan ở thị trường Lào và Campuchia, trong đó có lý do từ việc quy định tuyến đường, cảng và cửa khẩu nhập xuất như hiện nay đã làm giá thành vận tải của một số tuyến sẽ đội lên.

Cụ thể trong trường hợp của cảng Đà Nẵng, nếu hàng quá cảnh cho một số công trình, dự án sát biên giới thuộc các tỉnh Trung và Bắc Lào được sử dụng cửa khẩu Cha Lo (Quảng Bình), Cầu Treo (Hà Tĩnh) hoặc Nậm Cắn (Nghệ An) - thay vì chỉ được đi qua hai cửa khẩu Lao Bảo (Quảng Trị) và Bờ Y (Kon Tum) - thì sẽ tiết kiệm chi phí rất lớn cho doanh nghiệp vì cự ly vận chuyển gần hơn, hạ tầng giao thông kết nối tốt hơn, tiết kiệm chi phí gia cố cầu đường đối với hàng siêu trường siêu trọng.

Mặc dù trong thông tư 17 Bộ GTVT cũng tỏ ra rất cầu thị là sẽ bổ sung, sửa đổi các tuyến đường, cửa khẩu quá cảnh khi có nhu cầu, tuy nhiên đã đến lúc Nhà nước nên rà soát và bãi bỏ việc quy định một số cửa khẩu quá cảnh nhất định cho cảng và sân bay vì điều này đã lỗi thời và gây khó cho doanh nghiệp. Đây là việc làm cần thiết giúp các doanh nghiệp vận tải hàng quá cảnh có cơ hội và đủ sức cạnh tranh với các nước trong khu vực.