Theo cáo trạng, ngày 3-3-2009 Cơ quan an ninh điều tra Hà Nội phát hiện Nguyễn Thanh Hà đang ký kết hợp đồng cho vay và nhận 10.000 USD tạm ứng chi phí vay của ông Phạm Tiến Tạo, Lê Chính Đại tại khách sạn Bảo Sơn (Hà Nội). Qua kiểm tra, cơ quan công an thu giữ một số tài liệu của Hà gồm “dự án 22 triệu USD tại Nigeria” cùng một số tài liệu khác bằng tiếng Anh, có dấu ký xác nhận được cho là của văn phòng tổng thống Mỹ, tổng thanh tra tài chính quản lý thuế Mỹ, đại sứ quán Mỹ tại Nigeria và Hà Nội...

Khám xét nơi ở của Nguyễn Thanh Hà, cơ quan công an tiếp tục thu giữ nhiều tài liệu về các dự án như “dự án 36 triệu USD tại Moldova” và “dự án 20,85 triệu USD tại Cộng hòa Ghana”. Quá trình điều tra, cơ quan an ninh điều tra xác định từ tháng 6-2007, bị can Nguyễn Thanh Hà đã mang các dự án trên giới thiệu với các bị hại về việc Hà có nguồn vốn ở nước ngoài, sẽ cho họ vay tiền nhưng yêu cầu họ nộp tiền chi phí vay trước. Với thủ đoạn đó, Hà đã chiếm đoạt của chín bị hại với số tiền gần 400.000 USD và 1,9 tỉ đồng.

Theo Phòng Thương mại và công nghiệp Việt Nam (VCCI), Công ty Thanh Hà không phải là hội viên và không thông qua phòng xúc tiến thương mại tại các quốc gia Nigeria, Ghana, Moldova, Anh, Togo… Những “dự án triệu đô” và giấy tờ liên quan đều là giả.