Theo dự thảo kết luận thanh tra, ông Nguyễn Đức An - nguyên chánh thanh tra Sở Y tế - có những hành vi thiếu trách nhiệm trong khi thi hành công vụ. Ông An đã phát hiện nhiều cơ sở sản xuất nước tương có hàm lượng 3-MCPD vượt mức qui định nhưng không giám sát chặt chẽ việc thu hồi, tiêu hủy và xử lý không triệt để. Việc này đã gây tác hại xấu trong dư luận xã hội, ảnh hưởng đến sức khỏe của người tiêu dùng, uy tín của ngành y tế và vai trò tham mưu quản lý nhà nước về vệ sinh an toàn thực phẩm của TP.

Đối với ông Lê Trường Giang - phó giám đốc Sở Y tế kiêm phó ban chỉ đạo liên ngành về chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm của TP - cũng chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm khi thi hành công vụ; trong điều hành công việc có những chỉ đạo theo xu hướng có lợi cho các doanh nghiệp sản xuất nước tương và có hại cho sức khỏe người tiêu dùng.

Đối với ông Nguyễn Thế Dũng - nguyên giám đốc Sở Y tế TP - chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm khi thực thi công vụ do công tác điều hành còn hạn chế, kiểm tra quản lý không chặt chẽ... Thanh tra TP cũng kết luận những tố cáo của ông Thế Dũng và ông Đức An về ông Trường Giang (có dấu hiệu tham nhũng, vụ lợi, lạm quyền trong khi thi hành công vụ) là chưa có đủ cơ sở.

Thanh tra TP đã kiến nghị UBND TP.HCM xem xét xử lý theo hướng: xem xét những hành vi thiếu trách nhiệm của ông An; xem xét trách nhiệm của ông Giang về việc ký hai công văn 4326 và 4820 liên quan đến việc gia hạn thời gian công bố hàm lượng 3-MCPD; xem xét kiểm điểm về trách nhiệm đối với ông Thế Dũng... Sau khi công bố dự thảo kết luận thanh tra, Thanh tra TP.HCM đã đề nghị các cá nhân có liên quan nếu có ý kiến thì làm văn bản gửi về Thanh tra TP.HCM, hạn chót ngày 27-3 trước khi có kết luận chính thức.

Được biết, trước đó ông Thế Dũng khi còn là giám đốc Sở Y tế đã có đơn kiến nghị các cơ quan chức năng làm rõ hành vi cố tình ém nhẹm thông tin về nước tương có chất 3-MCPD của ông Giang. Ông Nguyễn Đức An cũng có đơn tố cáo một số sai phạm của ông Giang liên quan đến vụ nước tương "đen". Sau khi có các đơn tố cáo này, Thanh tra TP.HCM đã tiến hành thanh tra vụ việc kể từ ngày 29-10-2007.